Akihisa Yoshii ist der titelgebende "Baka", will meinen, dass seine schulischen Leistungen am unteren Ende der Notenskala liegen. Dieser Umstand wirkt sich insofern dramatisch aus, als dass an seiner Schule die Schüler je nach Testergebnis auf verschiedene Klassen aufgeteilt werden. Die Besten kommen die die A Klasse und genießen diverse Annehmlichkeiten, wie ein mit allen Schikanen eingerichtetes Klassenzimmer, während die Schlechtesten, die F Klasse, ihr Dasein auf Sitzkissen in einem mit alten Tatamimatten ausgelegten Raum fristen und sogar um Kreide bangen müssen.

Mizuki Himeji wäre eigentlich eine der klügsten Schülerinnen des neuen Jahrganges, doch wegen Fieber versagt sie beim Einstufungstest und wird in die F Klasse gesteckt. Dort befindet sich neben Akihisa (der heimlich auf Mizuki steht) auch noch dessen Freund Yu-ji Sakamoto, der gleichzeitig Klassensprecher ist. Die F Klasse beschließt nun ihre Situation nicht mehr einfach hinzunehmen und bedient sich diverser Kreaturen, deren Herbeibeschwörung günstigerweise an der Schule im Rahmen eines Experiments entdeckt wurde, um gegen die ranghöheren Klassen anzutreten und sich deren Privilegien zu sichern.

Wenn ihn die Verzweiflung über die Welt und sein eigenes Schicksal packt, versucht Nozomu Itoshiki sich regelmäßig umzubringen, wobei es bisher noch beim Versuch geblieben ist. In seiner neuen Anstellung als Lehrer hat er nun erstmals Publikum für seine pessimistischen Ansichten, doch während er seine Schüler nun über die von ihm so gesehene harsche Realität aufklärt, muss er feststellen, dass diese selbst diverse Extreme der (japanischen) Gesellschaft darstellen. Von der beinharten Optimistin Kafuka, die die von ihm aufgezeigten Missständen immer ins positive Licht rückt, über die perfektionistische Chiri, die die Welt nach ihren Vorstellungen ordnen will, notfalls mit Gewalt, bis hin zur Stalkerin Matoi. Ein bunter Haufen von Schülern mit verqueren Ansichten und Marotten, die gemeinsam mit ihrem Lehrer in episodischen Geschichten eine Reise durch die Eigenheiten (und Abgründe) der japanischen Gesellschaft unternehmen und sich in dieser Gesellschaftssatire auch in einigem Umfang der Otaku-Subkultur widmen.

Akuto Sai hat es sich zum Ziel gesetzt, in den höchsten Magierorden seines Landes aufgenommen zu werden, um dann der Gesellschaft als deren Kleriker dienen zu können. Am Tag seiner Aufnahme an der Constan Magieakademie, ergibt sein Eignungstest Folgendes: "Zukünftiger Beruf - Teufelskönig". So beginnt schließlich seine harte Schulzeit, in der er von der eifrigen Klassensprecherin verachtet, von einem Mädchen mit mysteriösen Kräften begehrt, und von einer wunderschönen Androidin bewacht wird.

Moritaka Mashiro ist im dritten Jahrgang der Mittelschule und wird von den Erwachsenen ständig genervt, welche berufliche Laufbahn er den einschlagen möchte. Er ist künstlerisch äußerst talentiert und zeichnet daher lieber Bilder von seinem Schwarm Azuki Miho in sein Notizbuch, als sich Gedanken über seine Zukunft zu machen.

Als er eines Tages von der Schule nach Hause geht, bemerkt er, dass er sein Notizbuch vergessen hat und kehrt zurück, um sich dieses zu holen. In der Klasse angekommen, wartet auf ihn der Klassenbeste Akito Takagi mit seinem Notizbuch in der Hand. Nachdem dieser von seinen Fähigkeiten erfahren hat und auch von seinen Gefühlen für Azuki, versucht er Moritaka zu überreden für ihn Mangas zu zeichnen, wobei er die Handlung schreibt. Moritaka lehnt entschieden ab und Akito sieht sich gezwungen, Azuki von Moritakas Geheimnis zu erzählen, wenn er seiner Bitte nicht nachkommt.

Als sie schließlich vor ihrem Haus stehen, erzählt Akito ihr, dass sie Mangaka werden wollen. Azuki ist sichtlich begeistert, da sie selbst Seiyuu werden möchte und die Beiden versprechen ihr, dass sie die weibliche Hauptrolle bekommt, sollte ihr Manga eine Animeumsetzung bekommen. Aufgrund dieser und anderer Ereignisse gibt Moritaka alles, um sein Ziel zu erreichen und ein großer Mangaka zu werden.